Forskel mellem blast og fasta

Blast vs Fasta

Blast og Fasta er to software, der bruges til at sammenligne biologiske sekvenser af DNA, amino syrer, proteiner og nukleotider af forskellige arter og se efter lighederne. Disse algoritmer blev skrevet med henblik på at holde fart i tankerne, for da databasesekvenserne svulmede, da DNA blev isoleret i laboratoriet af forskerne i midten af ​​1980'erne, rejste der et behov for at sammenligne og finde identiske gener til yderligere forskning ved høj hastighed. Blast er et akronym for Basic Local Alignment Search Tool og bruger lokaliseret tilgang ved sammenligning af de to sekvenser. Fasta er en software, der hedder Fast A, hvor A står for Alle, fordi det virker med alfabetet som Fast A til DNA-sekventering og Fast P for protein. Både Blast og Fasta er meget hurtige i sammenligning af enhver genomdatabase og er derfor meget levedygtige både monetært og sparer tid.

Blast

Et af de mest anvendte bioinformatik software Blast blev udviklet i 1990 og siden da har været tilgængelig for alle på NCBI site. Denne software er tilgængelig af en og kan ændres i henhold til dem behov. Blast er den software, hvor input data for en sekvens, der skal sammenlignes, er i Fasta format og output data kan opnås i ren tekst, HTML eller XML. Blast virker på princippet om at søge efter lokaliserede ligheder mellem de to sekvenser og efter kort notering de tilsvarende sekvenser, der søger efter nabolagens ligheder. Softwaren søger efter et stort antal lignende lokale regioner og giver resultatet efter en grænseværdi er nået. Denne proces adskiller sig fra tidligere software, hvor hele sekvensen blev søgt og sammenlignet, hvilket tog meget tid. Blast anvendes til mange formål som DNA kortlægning, sammenligning af to identiske gener i forskellige arter, der skaber fylogenetisk træ.

Fasta

Fasta program blev skrevet i 1985 for kun at sammenligne proteinsekvenser, men blev senere modificeret til at udføre søgninger på DNA også. Fasta software bruger princippet om at finde ligheden mellem de to sekvenser statistisk. Denne software matcher en sekvens af DNA eller protein med den anden ved lokal sekvensjusteringsmetode. Det søger efter lokal region for lighed og ikke den bedste match mellem to sekvenser. Da denne software sammenligner lokaliserede ligheder til tider, kan det opstå en fejlparametre. I en rækkefølge tager Fasta en lille del kendt som k-tuples hvor tuple kan være fra 1 til 6 og matcher med k-tuples af anden sekvens, og når en tærskelværdi af matchning er nået, kommer det op med resultatet. Det er et program, der bruges til at kortslå udsigter for matchende sekvens fra et stort antal til fuld sammenligning, da det er meget hurtigt.

Kort sagt: Blast vs Fasta • Blast er meget hurtigere end Fasta. • Blast er meget mere præcis end Fasta. • For tæt matchede sekvenser Blast er meget præcis og for ulig rækkefølge Fasta er bedre software. • Blast kan ændres efter behov, men Fasta kan ikke ændres. • Blast skal bruge Fasta input format for at få output data. • Blast er meget mere alsidig og meget udbredt end Fasta.