Forskel mellem AFLP og RFLP | AFLP vs RFLP

Nøgleforskel - AFLP vs RFLP

DNA-undersøgelser har en enorm betydning i forståelse og bestemmelse af fylogenetiske relationer, diagnosticering af genetiske sygdomme og kortlægning af organismernes genomer. Flere teknikker forbundet med DNA-analyse anvendes også til identifikationen af et bestemt gen eller en DNA-sekvens i en pulje af ukendt DNA. De er kendt som molekylære markører. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) og Restriktion Fragment Længde Polymorphism (RFLP) er to sådanne molekylære markører (metoder) udviklet i molekylærbiologi til påvisning af genetisk variation mellem organismer. Begge metoder er lige så vigtige og har fordele og ulemper. Nøgleforskellen mellem AFLP og RFLP er, at AFLP involverer selektiv PCR-amplifikation af det fordøjede DNA, medens RFLP ikke involverer selektiv PCR-amplifikation af DNA-fragmenterne.

INDHOLD

1. Oversigt og nøgleforskel

2. Hvad er AFLP

3. Hvad er RFLP

4. Side om side sammenligning - AFLP vs RFLP

5. Sammendrag

Hvad er AFLP?

AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) er et vigtigt redskab i molekylærbiologi og anvendes i vid udstrækning i genetisk variation analyse. AFLP er baseret på den specifikke PCR amplifikation af det fragmenterede genomiske DNA og påvisning af polymorfien ved autoradiografer via gelelektroforese. AFLP bidrager i vid udstrækning til at identificere genetiske forskelle i stammer eller nært beslægtede arter af forskellige kongeriger, herunder planter, dyr, bakterier og svampe. AFLP kan udføres med små mængder ukendte DNA-prøver. Det kræver ikke forudgående sekvens viden og design af prober.

AFLP-trin

Isolering af DNA
Fordøjelse af DNA'et med restriktionsendonukleaser
Ligering af de begrænsede DNA-fragmenter med adaptere
Selektiv amplifikation af fragmenterne med specifik restriktion sider Separation af PCR-produkterne ved gelelektroforese
Visualisering af gelmatrixen ved autoradiograph
AFLP er en mere følsom og reproducerbar metode, der kan anvendes til DNA-profilering af flere taxa, herunder svampe, bakterier, planter og dyr uden forudgående kendskab til DNA-sekvenser. Det hjælper med at identificere små forskelle blandt individer i befolkninger på grund af dens meget følsomme karakter. AFLP er også vigtig i kortlægning af genomlægning, retsmedicinsk undersøgelse, forældremåling, genotyping mv.

Figur 01: AFLP

Hvad er RFLP?

Restriktionsfragmentlængde Polymorfier (RFLP'er) er en teknik, der anvendes til at detektere de genetiske variationer i homologe DNA-sekvenser.Det er den første metode udviklet til DNA profilering. Organismer har unikke DNA-fingeraftryk eller DNA-profiler. RFLP tjener som et vigtigt redskab til at analysere variationen mellem DNA-profiler af intraspecifikke eller nært beslægtede organismer, da homologe sekvenser har forskellige restriktionssteder (steder), som er unikke for en bestemt organisme. Når homologt DNA fordøjes med specifikke restriktionsendonucleaser, vil det resultere i forskellige DNA-profiler, der er unikke for hver enkelt individ. Derfor er hovedpersonen i denne metode detektion af genetisk variation blandt organismer ved at begrænse homologt DNA med specifikke restriktionsenzymer og analyse af fragmentlængdepolymorfien via gelelektroforese og blotting. Blottemønstre er unikke for hver organisme og karakteriserer de specifikke genotyper.

Trin af RFLP

Isolering af tilstrækkelig mængde DNA fra prøver

Fragmentering af DNA-prøverne med specifikke restriktionsendonucleaser i kort sekvens
Separation af de resulterende fragmenter med forskellige længder ved agarosegelelektroforese.
Overførsel af gelprofilen til en membran ved Southern blotting
Hybridisering af membranen med mærkede prober og analyse af fragmentlængdepolymorfien i hver profil
RFLP er en meget vigtig teknik til at detektere sygdomsarv og finde risiko for sygdomstilfælde blandt familiemedlemmer. RFLP bruges også ofte i genomkorting, identifikation af kriminelle i retsmedicin, faderskabstestning osv. RFLP har også flere begrænsninger. RFLP kræver forudgående kendskab til sekvensdata til at designe prober til hybridisering. Det kræver også isolering af tilstrækkelig mængde DNA fra prøven til analyse, hvilket er vanskeligt i retsmedicinske undersøgelser.

Figur 01: RRFLP kortlægning

Hvad er forskellen mellem AFLP og RFLP?

- diff Artikel Mellem før tabel ->

ALFP vs RFLP

AFLP involverer selektiv PCR-amplifikation af det fordøjede DNA.
RFLP involverer ikke PCR, medmindre det er PCR-RFLP.	Sequence Knowledge
Tidligere sekvens viden er ikke påkrævet.
Tidligere sekvens viden er nødvendig for at designe RFLP prober.	Pålidelighed
Dette er mere pålideligt.
Dette er mindre pålideligt end AFLP.	Effektivitet ved at påvise polymorfisme
Dette har en højere effektivitet ved at detektere polymorfisme end RFLP.
Dette er mindre effektivt end AFLP.	Omkostninger
Dette er lidt dyrt sammenlignet med RFLP.
Dette er billigere sammenlignet med AFLP.	Anvendelser
AFLP'er er blevet anvendt til genomkartlægning, DNA-fingeraftrykning, genetiske mangfoldighedsundersøgelser, faderskabstestning og retsmedicin
RFLP-analyse er et vigtigt redskab i genomkortlægning, lokalisering af gener for genetiske sygdomme, bestemmelse af risiko for sygdom og faderskab testning.	Sammendrag - AFLP vs RFLP

AFLP og RFLP er to teknikker, der anvendes som genetiske markører til evaluering af mangfoldighed og vurdering af de genetiske forhold i molekylærbiologi.AFLP fungerer som en effektiv og følsom metode til påvisning af genetisk polymorfisme mellem organismer end RFLP. Imidlertid, selv om begge disse metoder har forskellige effektiviteter ved at detektere genetiske variationer, anvendes de stadig til DNA fingerprinting og sygdomsdiagnose.

Reference:

'1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. og Anete P. De Souza. "Sammenligning af RAPD, RFLP, AFLP og SSR markører til mangfoldighed studier i tropiske majs indavlede linjer. "Genetik og molekylærbiologi. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19. marts 2017

2. "Restriktionsfragmentlængdepolymorfisme (RFLP). "National Center for Bioteknologi Information. S. National Library of Medicine, n. d. Web. 19. marts 2017

3. Masiga D. K. og Turner C. M. (2004). "Amplified (restriction) fragment length polymorphism (AFLP) analysis". Metoder Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Web. 19. marts 2017

Billede Courtesy:

1. "ALFP" Af Barbarossa på Dutch Wikipedia - Overført fra nl. wikipedia til Commons. (Public Domain) via Commons Wikimedia

2. "RFLP mapping" Af Retama - eget arbejde (GFDL) via Commons Wikimedia