Forskel mellem siRNA og shRNA | shRNA vs siRNA
shRNA vs siRNA
Under processen med RNA interferens (RNAi) er ekspression af et målgen slået ned med høj specificitet og selektivitet. RNAi er en naturlig proces, og det involverer lille interfererende RNA (siRNA) og kort hårnål RNA (shRNA) og bi-funktionelt shRNA. I øjeblikket er RNAi almindeligt anvendt som et værktøj til personlig cancerbehandling. Anvendelserne af RNAi udføres grundlæggende med de kemisk syntetiserede dobbeltstrengede siRNA- og vektorbaserede shRNA-molekyler. Selv om disse to molekyler har lignende funktionelle resultater, varierer de i deres struktur; således er de molekylære virkningsmekanismer, RNA-veje og off-target-effekter af disse to molekyler også forskellige.
shRNA
shRNA er en sekvens af lille RNA-molekyle, der gør en tæt hårnålssving, der kan bruges til at tavle et målgenekspression under RNAi. Ekspression af shRNA opnås ved hjælp af en vektor, der kan være enten en virus eller en bakterie eller ved afgivelse af plasmider. De syntetiseres i cellerne og transporteres til cytoplasma til yderligere processer. Disse molekyler har lignende modningsveje af miRNA; således har syntesen af miRNA tilvejebragt grundlaget for forståelse af shRNA-syntese. Enten RNA-polymerase II eller III kan transskribe shRNA gennem RNA-polymerase II eller III-promotorer. Fordelen ved brugen af shRNA'er er, at de har en relativ lav grad af nedbrydning og omsætning. Ulempen er, at den har brug for en ekspressionsvektor, som kan forårsage nogle sikkerhedsproblemer.
siRNA
siRNA'er er dobbeltstrengede RNA-molekyler sammensat af 20-25 basepar i længde. Disse anvendes til genundertrykkelse ved at silere et hvilket som helst gen med komplementær nukleotidsekvens i RNAi-pathway. Genknockdown ved transfektion af siRNA er ofte mislykket på grund af den forbigående virkning; især i hurtigt opdelte celler, og undertrykkelsen varer ikke længere. For at overvinde dette problem ændres siRNA'et ved at indføre en kort hårnålestruktur. Dette modificerede molekyle så kendt som shRNA. shRNA skal konverteres til siRNA af en Dicer for at kunne fortsætte sin normale funktion.
Hvad er forskellen mellem shRNA og siRNA?
• I modsætning til siRNA har shRNA en ekstra hårnålstruktur. shRNA er en modificeret version af siRNA.
• shRNA kræver en ekspressionsvektor, mens siRNA ikke gør det.
• shRNA kan bruges til langsigtet knockdown, mens siRNA kun kan bruges til kortvarig knockdown af gener.
• I modsætning til gen-undertrykkelsen af siRNA er undertrykkelsen af shRNA langvarig, og hvis den indsættes via en passende viral vektor, kan den producere permanente gen-lyddæmpende virkninger.
• Dicer er påkrævet for at omdanne shRNA'et tilbage til siRNA-molekylet for at kunne udføre sine normale funktioner.
