Forskel mellem genotyping og sekventering | Genotyping vs sekventering

Nøgleforskel - Genotyping vs sekventering

Genotyping og sekventering er to teknikker udført for at opnå information om nukleinsyrerne, hovedsageligt DNA fra en organisme. Hovedforskellen mellem genotyping og sekventering er, at genotyping er processen til at bestemme hvilken genetisk variant individet besidder ved anvendelse af markører, mens sekventering er bestemmelsen af den korrekte rækkefølge af nukleotidsekvensen inden for det givne DNA-fragment.

INDHOLD

1. Oversigt og nøgleforskel

2. Hvad er Genotyping

3. Hvad er sekventering

4. Side ved side sammenligning - Genotyping vs sekventering

5. Sammendrag

Hvad er Genotyping?

Genotyping er bestemmelsen af en persons genetiske sminke ved hjælp af en sekvens af DNA og markører og sammenligning og identifikation af dets arv. Genotyping er vigtig i organismernes evolutionære biologi, populationsbiologi, taxonomi, økologi og genetik. Det kan udføres ved forskellige teknikker, herunder DNA-sekventering, polymerasekædereaktion, restriktionsfragmentlængdepolymorfisme (RFLP), tilfældig amplificeret polymorf detektion, amplificeret fragmentlængdepolymorfisme (AFLP), DNA-mikroarrays mv.

Genotyping involverer sekventering af bestemte små fragmenter af DNA-sekvenser og konstatering af beslægtethed af den genetiske sammensætning med andre individer ved anvendelse af genetiske markører. Det bestemmer de enkelt nukleotidpolymorfier (SNP'er) blandt individerne eller de specifikke alleler. Genotyping gælder for en bred vifte af organismer, herunder mennesker. Det gælder også for mikroorganismer som virus, svampe osv. Og kan bruges til at bestemme deres genetiske varianter med referenceprofiler. I molekylær epidemiologi og retsmedicinsk mikrobiologi udføres kontrol af patogener, især mikroorganismer, ved hjælp af de informationer, der opnås ved genotyping. Genotyping er meget vigtig i stamtavleanalyse. Mennesker er genotyper for at bekræfte moderskab og faderskab. Genotype vil afsløre de dominerende og recessive alleler af gener, som bestemmer specifikke træk.

Figur_1: RFLP Genotyping

Hvad er sekventering?

Sekvensering er processen med at bestemme den korrekte rækkefølge af nukleotidet i et givet fragment af DNA eller RNA. Næsten alle nødvendige oplysninger til vækst og udvikling af en organisme er kodet i dets genom. Tilgængeligheden af teknikker til fremstilling og adskillelse af få hundrede nukleotider med lang nukleinsyrer resulterede i udvikling af procedurer til bestemmelse af den nøjagtige nukleotidsekvens af et givet fragment af DNA eller RNA.Forskellige typer af sekventeringsmetoder er tilgængelige i dag. Disse sekventeringsmetoder, sammen med teknologierne til konstruktion af genombiblioteker, der repræsenterer hele genomet af en organisme, letter sekventeringen af hele organismenes genom, idet der foretages en dybtgående analyse af genstrukturer, genfunktioner, gensteder, genuttryk, genkortlægning, genregulerende regioner mv.

De samlede genomer af mange vira, flere bakterier, archaebakterier, gær og flere andre organismer er blevet sekventeret og kortlagt. Human genomprojekt har gjort det muligt at sekvensere og kortlægge hele menneskelige genom og offentliggøre sit første udkast i 2003. Det er en vigtig milepæl inden for biologiens fremgang. Humangenomsekvenser anvendes nu i den medicinske sektor til at identificere genetiske årsager til sjældne sygdomme, screen-sygdomsrisiko hos nyfødte, identificere genetiske detaljer af forskellige kræftformer, udvikle nye terapeutiske midler og udvikle nye diagnostiske værktøjer mv.

I planteverdenen, risgenom og Arabidopsis-genomerne er blevet sekventeret. Kendskab til disse sekvenser vil uden tvivl revolutionere vores forståelse for, hvordan celler og organismer virker.

Figur_2: En autoradiograf af sangersekvensering

Hvad er forskellen mellem genotyping og sekventering?

- diff Artikel midten før tabel ->

Genotyping vs sekventering
Genotyping er processen med at bestemme en persons genetiske sammensætning og kontrollere gruppen eller den pågældende organisations taxonomi.	Sekventering er processen med at bestemme den nøjagtige rækkefølge af nukleotider af et givet DNA- eller RNA-fragment.
Teknikker
RFLP, Gen-sekventering, PCR, DNA-mikroarrays, AFLP etc.	Sanger-sekventering, Gilbert-sekventering, Pyrosequencing, Next Generation Sequencing, Shotgun-sekventering osv.
Vigtige bekymringer
Dette er mere bekymret over, om genotypeforskellene giver de faktiske fænotypeforskelle.	Dette er mere bekymret over nukleotidernes rækkefølge og dets forskelle og ændringer med andre organismer.

Sammendrag - Genotyping vs sekventering

Genotyping og sekventering er nyttige til undersøgelse af organismernes genetiske information. Genotyping er processen med at bestemme genotypevariationer blandt enkeltpersoner og finde deres kategorier. Sekvensering er processen med at bestemme den korrekte rækkefølge af nukleotiderne i det interesserede fragment eller DNA-regionen. Begge teknikker giver vigtige oplysninger om gener og genomer.

Reference:

1. "Genotyping metoder. "Metoder i molekylærbiologi (Clifton, N.J.). S. National Library of Medicine, n. d. Web. 20. februar 2017.

2. Akey, J. M., D. Sosnoski, E. Parra, S. Dios, K. Heister, B. Su, C. Bonilla, L. Jin og M. D. Shriver. "Smeltekurveanalyse af SNP'er (McSNP®): En gelfri og billig tilgang til SNP Genotyping. "BioTechniques 30. 2 (2001): 358-67. Web.

Image Courtesy:

1. "RFLP genotyping" Af (ukendt) - National Institutes of Health (Public Domain) via Commons Wikimedia

2."Radioaktiv fluorescerende" Af Abizar på engelsk Wikipedia (CC BY-SA 3. 0) via Commons Wikimedia