Forskel mellem Nick Oversættelse og Primer Extension | Nick Oversættelse vs Primer Extension

Nøgleforskel - Nick Oversættelse vs Primerforlængelse

Nickoversættelse og primerudvidelse er to vigtige teknikker udført i molekylærbiologi. Nøgleforskellen mellem nick-oversættelse og primerudvidelse er, at nick-translationsprocessen producerer mærkede prober til andre hybridiseringsteknikker , mens primerforlængelsesmetoden identificerer en specifik RNA-sekvens fra en blanding og afslører information om ekspressionen af ​​mRNA. Begge teknikker har stor betydning og udføres rutinemæssigt i molekylære laboratorier.

INDHOLD

1. Oversigt og nøgleforskel

2. Hvad er Nick Oversættelse

3. Hvad er Primer Extension

4. Side om side sammenligning - Nick Oversættelse vs Primer Extension

5. Sammendrag

Hvad er Nick Oversættelse?

Nick-oversættelse er en vigtig teknik anvendt til fremstilling af mærkede prober til forskellige molekylærbiologiske teknikker, såsom blotting, in situ hybridisering, fluorescerende in situ hybridisering etc. Det er en in vitro metode til DNA mærkning. DNA-prober anvendes til at identificere specifikke DNA- eller RNA-sekvenser. Ved hjælp af en mærket probe kan specifikke fragmenter markeres eller visualiseres fra en kompleks blanding af nukleinsyre. Derfor fremstilles mærkede prober under anvendelse af forskellige teknikker til anvendelse til forskellige teknikker. Nick-oversættelse er en sådan metode, der producerer mærkede prober ved hjælp af DNase 1 og DNA polymerase 1 enzymer.

Nick-translationsprocessen starter med enzymatisk DNase 1-enzymaktivitet. DNase 1 introducerer nicks i phosphat backbone af dobbeltstrenget DNA ved at spalte phosphodiesterbindinger mellem nukleotider. Når nøglen er oprettet, frigøres 3 'OH-gruppe af nukleotidet, og DNA-polymerase 1-enzym vil virke på det. 5 'til 3' exonukleaseaktivitet af DNA-polymerase 1 fjerner nukleotider fra nicket mod 3'-retningen af ​​DNA-strengen. Samtidig virker polymeraseaktivitet af DNA polymerase 1 enzym og tilføjer nucleotider til erstatning for de fjernede nukleotider. Hvis nukleotiderne blev mærket, vil udskiftningen ske ved de mærkede nukleotider, og det vil markere DNA'et til identifikation. Dette nyligt syntetiserede mærkede DNA kan anvendes som prober i forskellige hybridiseringsreaktioner i molekylærbiologi.

Figur 01: Nick oversættelsesproces

Hvad er Primer Extension?

Primerforlængelse er en teknik, som anvendes til at finde specifik RNA-sekvens fra en RNA-blanding og lokalisere 5'-enden af ​​mRNA-transkriptet. Det bruges også til at studere strukturen af ​​RNA og udtryk. Primerforlængelsesmetode udføres med mærkede primere eller med mærkede nukleotider. Hvis mærket primere anvendes, udelukker det behovet for mærkning af nukleotiderne, som anvendes til syntese af cDNA. Der er flere trin i denne teknik. Det starter med ekstraktion af RNA fra prøven. Derefter tilsættes en mærket oligonukleotidprimer til blandingen sammen med de nødvendige bestanddele til syntetisering af cDNA af en specifik RNA-sekvens. Primer annealerer med den komplementære sekvens fra blandingen. Ved anvendelse af den primer-annealed-sekvens som skabelonen syntetiserer enzym-revers transkriptase det komplementære DNA (cDNA) af RNA-sekvensen. Primerglødning og revers transkription forekommer kun, når den specifikke RNA-sekvens er til stede i prøven. Endelig kan størrelsen af ​​RNA-sekvensen bestemmes, når denatureringsgelelektroforese udføres. Det er også nemt at finde +1-basen af ​​mRNA-sekvensen (transkriptionsinitieringssted) ved primerforlængelsesmetoden. Mængden af ​​mRNA, som er til stede i prøven, kan kvantificeres ved denne metode, hvis overskydende primer anvendes.

Figur 02: Primerforlængelse

Hvad er forskellen mellem Nick Translation og Primer Extension?

- diff Artikel Mellem før tabel ->

Nick Oversættelse vs Primer Extension

Nick-oversættelse er en proces, der skaber mærkede DNA-prober til forskellige hybridiseringsreaktioner.
Primerforlængelse er en teknik, der anvendes til at finde specifik RNA eller at studere genekspression.	Enzymer anvendt
DNase 1 og DNA polymerase enzymer anvendes.
Reverse transkriptase enzym anvendes.	Betydning
Nick-oversættelse letter markeringen af ​​specifik DNA-sekvens.
Primerforlængelse muliggør detektion af specifik mRNA-sekvensstørrelse og mængden til stede i prøven.	Sammendrag - Nick Oversættelse vs Primer Extension

Nick-oversættelse er en metode, der anvendes til at syntetisere mærkede prober baseret på aktiviteterne i DNase 1 og

E coli DNA polymerase 1 enzymer. Det er en in vitro metode anvendt i laboratorierne forud for forskellige hybridiseringsteknikker. Under nick-oversættelsen fjerner 5'-3'-exonukleaseaktiviteten af ​​DNA-polymerase 1 nukleotider forud for nick- og polymeraseaktiviteten af ​​DNA-polymerase 1 erstatter de fjernede nukleotider med mærkede nukleotider bag nitten. Primerforlængelse er en metode, der bruges til at detektere et specifikt RNA-transkript fra en blanding og kvantificere størrelsen og mængden af ​​interesse-RNA'et. Dette er forskellen mellem nick translation og primer extension. Referencer

1. Reid, Alex. "Nick Oversættelse. "Springer. N. p., n. d. Web. 18. april 2017

2. "Primer Extension. "National Diagnostics. N. p., n. d. Web. 19. april 2017

3. Kuo, M. T., og W. Plunkett."Nick-translation of metaphase chromosomes: in vitro-mærkning af nuklease-overfølsomme regioner i kromosomer. "Forsøg af National Academy of Sciences i USA. U. S. National Library of Medicine, Feb. 1985. Web. 19. april 2017

4. Raymond et al. "Enkelt, kvantitativt primer-forlængelses-PCR-assay til direkte overvågning af mikroRNA'er og kortforstyrrende RNA'er. "RNA. Copyright 2005 af RNA Society, november 2005. Web. 19. april 2017

Image Courtesy:

1. "Primer Extension Assay" Af Jjnmmnjj - eget arbejde (CC BY-SA 3. 0) via Commons Wikimedia