Forskel mellem eksome og transcriptome | Exome vs Transcriptome
Nøgleforskel - Exome vs Transcriptome
Et gen indeholder kodende og ikke-kodende regioner i den. Kodningssekvenser er kendt som exoner, og ikke-kodende sekvenser er kendt som introner. Nukleotidsekvensen af exonerne af et gen repræsenterer genets genetiske kode for at syntetisere det specifikke protein. Derfor forbliver exoner i mRNA-molekylet. Den totale exon-region af genomet er kendt som exome, og det er en vigtig del af genomet. Genets genetiske kode omdannes til den genetiske kode for mRNA-molekylet, som er nødvendigt til produktion af protein. Hele mRNA-molekylerne transskriberet i en celle eller en cellepopulation ad gangen er kendt som et transkriptom. Hovedforskellen mellem exome og transkriptom er, at
exome repræsenterer sekvenserne af exonregionerne af genomet , mens transkriptomet repræsenterer det totale mRNA af en celle eller et væv på et givet tidspunkt.
INDHOLD1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er Exome
3. Hvad er Transcriptome
4. Side ved side sammenligning - Exome vs Transcriptome
5. Sammendrag
Hvad er Exome?
Gen er sammensat af exoner, introner og regulatoriske sekvenser. Exoner er genregionerne, der transkriberes til mRNA-sekvens under transkriptionen. Introns og andre ikke-kodende regioner fjernes under transskriptionen. Nukleotidsekvensen af exoner bestemmer genets genetiske kode, der syntetiserer det specifikke protein, som koder. Kun exoner forbliver inden for mRNA af et protein. Samlingen af exoner i genomet er kendt som exome af en organisme. Det repræsenterer en del af genomet, der udtrykkes i gener. I mennesker tegner exome 1% for genomet. Det er den proteinkodende del af det humane genom.
Hvad er Transcriptome?
Transkriptomet er samlingen af alle proteinkodende og ikke-kodende transkripter (RNA'er) i et givet væv. Transcriptom repræsenterer indsamlingen af totale mRNA molekyler udtrykt af generne i en celle eller et væv. Transkriptomet for en celle kan varieres med transkriptomet af en anden celletype. Transkriptomet er også dynamisk - det ændres med tiden som reaktion på både interne og eksterne stimuli. Selv inden for samme væv eller inden for samme celletype kan transkriptom ændres efter få minutter.
Transkriptom anvendes som en forstadie til proteomikstudier. Alle proteiner er afledt af mRNA-sekvenser. Oversættelsesændringer kan resultere i ændringer i proteiner. Transkriptomet giver imidlertid vigtige grundlæggende oplysninger til proteomiske undersøgelser.
Figur 02: Transkriptom af embryonale stamceller
Hvad er forskellen mellem Exome og Transcriptome?
- diff Artikel Mellem før tabel ->
Exome vs Transkriptom
Exome er samlingen af proteinkodende region af generne. |
|
| Transkriptom er samlingen af alt transkriberet RNA inklusive mRNA. | Prøve |
| Exome studeres ved anvendelse af DNA-prøve. | |
| Transcriptom studeres ved anvendelse af en RNA-prøve. | Studiemetode |
| Hele exom sekventering er metoden til at studere exome. | |
| RNA-sekventering er metoden til at studere transkriptom. | Sammendrag - Exome vs Transcriptome |
Exons er genernes kodende sekvenser og bestemmer proteinerne mRNA-sekvenser. Samlingen af disse kodende sekvenser (exoner) er kendt som exome af en organisme. Gener transskriberes i mRNA-molekyler forud for fremstilling af proteiner. De samlede mRNA-molekyler af en celle eller et væv på et givent tidspunkt er kendt som transkriptom. Transkriptom repræsenterer generne, der bliver aktivt udtrykt i mRNA på et givent tidspunkt. Transcriptome er celle og vævsspecifik og påvirker miljøbetingelserne. Dette er forskellen mellem exome og transkriptom.
Referencer:
1. Sarah et al., "Target Capture and Massively Parallel Sequencing of Twelve Human Exomes. "Natur. U. S. National Library of Medicine, 10. september 2009. Web. 1. april 2017
2. Mutz et al. "Transcriptome analyse ved brug af næste generations sekventering. "Elsevier: Artikel Locator. N. p., September 2012. Web. 01. april 2017
Billedrettighed:
1. "Transkriptomet for pluripotente celler" Af Grskovic, M. og Ramalho-Santos, M., The pluripotent transcriptome (10. oktober 2008), StemBook, udg. Stem Cell Research Community, StemBook, doi / 10. 3824 / stembook. 1. 24. 1, // www. stembook. org. - [1] DirectStemBook Figur 2 Transkriptomet for pluripotente celler. Grskovic, M. og Ramalho-Santos, M., The pluripotent transcriptome (10. oktober 2008), StemBook, udg. Stem Cell Research Community, StemBook, doi / 10. 3824 / stembook. 1. 24. 1, (CC BY 3. 0) via Commons Wikimedia
